Geologie, bodem en waterhuishouding
Bodem: podzolgrond en podzolgrond met een laag stuifzand (duinvaag). De bodem van het Smithuyserbos bestaat voor een groot deel uit stuifzand (duinvaag).
De zandverstuivingen in de late Middeleeuwen (ongeveer 1700-1845, na de kap van het Gooiersbos) zorgden voor de glooiingen. Het grondwater zit te diep en is daardoor onbereikbaar voor de boomwortels. De bomen moeten het hebben van het hangwater. Een goede humuslaag moet het water vasthouden.
Flora en fauna
De percelen van het Landgoed Smithuyserbos bestaan voor een groot deel uit Douglas, Japanse Lariks, FijnSpar en GroveDen, die hier goed groeien en kwaliteitshout produceren. De rest bestaat uit loofbomen. Dit zijn voornamelijk Eik, Beuk en Berk. Het is een gemengd bos met meerdere boomsoorten door elkaar. Qua samenstelling en structuur is het een gevarieerd bos met aandacht voor oude (toekomst) bomen en dood hout. Dit komt de biodiversiteit ten goede.
Stamkwaliteit
In het Smithuyserbos komen relatief veel boomstammen met zaagkwaliteit voor. Het (geïntegreerde) bosbeheer van het Smithuyserbos is via het toekomstbomenbeleid gericht op het verbeteren van stamkwaliteit door zo te dunnen dat de aanwas zich richt op hout van goede kwaliteit. Dit geldt vooral voor Douglas en Lariks.
Mossen en kruiden
De mossenvariatie is divers. Daarnaast zijn Dalkruid, witte en roze Lelie-van-dale en Salomonszegel in het terrein te vinden. Dalkruid is een indicatie van oude bosgroeiplaatsen.
Vogelreservaat
Het hele jaar door is het Smithuyserbos een vogelrijk gebied. Sinds 1986 heeft het bos de status ‘Vrij vogelreservaat’. De vogelwerkgroep Gooi en Eemstreken zorgt ondermeer voor onderhoud van de nestkasten en verzamelen van broedgegevens.
Zoogdieren/ insecten
Wat betreft de zoogdieren kunnen worden genoemd: bosmuis, eekhoorn, konijn, en de vos. De ree is het grootste zoogdier in dit gebied. De rode bosmier met zijn kenmerkende mierenhopen komt in ruime mate voor. Verder komen ook steeds meer andere insecten voor zoals libellen en keversoorten.